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上海有机所交叉中心发表基于离子淌度质谱的多维代谢物鉴定技术和数据库AllCCS

  中国科学院上海有机化学研究所生物与化学交叉研究中心朱正江研究员课题组在Nature Communications杂志在线发表了题为“Ion Mobility Collision Cross-Section Atlas for Known and Unknown Metabolite Annotation in Untargeted Metabolomics”的研究论文(

  离子淌度质谱(Ion Mobility-Mass Spectrometry)是一类能够根据分析物离子的尺寸、形状和电荷进行气相分离和检测的质谱技术,一次分析能够同时提供多个维度信息,包括精确质量数(MS1)、二级碎片谱图(MS/MS)和碰撞截面积(CCS)数据等,有效提升对复杂生物样品代谢组的定性和定量分析能力。朱正江课题组一直致力于发展基于离子淌度质谱的代谢组学和脂质组学技术。2016年,朱正江研究员课题组首次发展了机器学习算法来计算代谢物的碰撞截面积的方法(Anal. Chem. 2016, 88, 22),开发了大规模碰撞截面积数据库MetCCS应用于代谢组学研究 (Bioinformatics 2017, 33, 14; Curr. Opin. Chem. Biol. 2018, 42)。针对脂质类化合物的结构特点,发展了基于脂质的碰撞截面积预测方法LipidCCS(Anal. Chem. 2017, 89, 17)和四维脂质鉴定鉴定技术LipidIMMS应用于非靶向脂质组学研究(Bioinformatics 2019, 35, 4; Trends Anal. Chem. 2019, 116)。

  在上述工作的基础上,课题组再次发展了一个全新的碰撞截面积预测方法和数据库AllCCS, 具有以下特点:(1)提供了一个世界上最大、最全面的小分子碰撞截面积数据库平台,包含5000多个实验碰撞截面积和1100多万个预测碰撞截面积;(2)发展了新一代的碰撞截面积预测算法,能将预测准确性提升至2%以内,并广泛适用于不同化学结构的小分子化合物;(3)发展了特征结构相似性得分(RSS),实现了对碰撞截面积预测误差的估计;(4)开发了基于离子淌度质谱的多维代谢物分析技术,提升已知代谢物鉴定的准确性,并能用于未知代谢物鉴定,为未知代谢物的鉴定提供了一种全新的方法。

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